ラディオン'sカルテ ~株式投資ブログ~

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Imagejでスタックス画像を好きな拡張子でまとめて保存するマクロ (Imagej : stacks save as your chosen extension)

こんにちは、ラディオン'sカルテ管理人のラディオンです!

今回は珍しくImagejに関しての更新です。

職場の先輩とCTの検証を色々やってる際につくったマクロですが、もし使う方がいればご自由にお使いください。

作るに至った経緯を簡単にまとめますが、使い方やファイルの場所だけ知りたい方は下のリンクから飛んでくださいね。↓

 

CT画像から色々解析をしたいという先輩を手伝っていた際に⇩のような場面にたびたび出くわしまして作成しました。

1.スライド等に使用する画像(複数)を拡張子を変えて保存しなくてはならない。

⇒先輩の好みのスライスがわからないので良さそうな部分をまとめてトリミングし保存したかったのですがImagejの保存ではスタックス(stacks)をまとめて保存してくれないので1枚毎に手で保存する必要がありました。また、元がDICOMデータなのでスライドで使用できるように拡張子を変えておく必要がありました。

 

2.そもそも人によってスライドに使用する画像の拡張子が異なる&後から変更したい

 と言われる機会が多い。

⇒なぜか後からjpegをPNGなどへ変更してと頼まれる機会がそこそこあり、1枚毎に保存するのが面倒になったのでまとめてできるようにしておこうという考えへ。

マクロ作っておけば次は後輩へ頼めば良いでしょうということで、とりあえず作成開始

 

3.機械学習でCT画像を使用する際にDICOM形式では色々と面倒だったりする。

⇒付帯情報があるため画像データ(画素値)のみにして保存したいという希望もあったので一括で保存できる+保存する際の拡張子を選べるようにしておけば後で楽そう?という考えからそういった形に落とし込みました。

 

stacksで表示した画像を同じ拡張子でまとめて保存する

Google Driveにファイルがありますのでダウンロードしてください。

最初に表示不可のようなメッセージが出てきますが、そのままダウンロードしてください。

・ファイルダウンロード

https://drive.google.com/file/d/1E4O1p7zjnDmlj5BHq0XpBrFZFEQqzkdG/view?usp=sharing

 

以下に簡単な導入方法と使用方法を書いておきます。

・導入方法

  1. Imagejの元ファイルを開く(Imagejのショートカットを右クリック⇒ファイルの場所を開くで見られます)
  2. フォルダの中にある「Plugin」フォルダ内にダウンロードファイルを移動
  3. Imagejを起動後pluginsタブの中に「image save dialog」が出ていれば使用可能です。

 

・使用方法

  1. 保存したい画像のスタックスをアクティブにしておいてください。この際にスタックスの画像は一番最初の画像を表示させておいてください。
  2. pluginsタブの中にある「image save dialog」を実行します。
  3. 最初に保存するフォルダを選択します。f:id:Radion0000:20200123163954p:plain
  4. 次に保存するファイル形式を選択します。

    f:id:Radion0000:20200123164256p:plain

  5. 最後に「OK」を選択すれば処理が開始されます。最初に選択したフォルダ内に画像が保存されていきますので少々お待ちください。

説明は以上です。

実際に使われた方で、何か不具合があった場合はフォームやコメントでご連絡いただければ可能な限り対応いたします。

 

本日の記事はここまでです。

久しぶりにImagejをいじったので少し新鮮でした。

また、以前にアップしたマクロファイルも近日Google Driveにアップ予定です。

それでは皆様、また次の記事でお会いしましょう!!